Peralihan kepada organisasi bersenjata yang dikenali bermula ketika penetapan Persefahaman Oslo untuk membantu Hamas menentang perjanjian tersebut. Pada tahun 2003 dan 2004, briged di Gaza menghadapi serangan IDF, termasuk pengepungan Jabalya pada Oktober 2004. Walau bagaimanapun, pertempuran tersebut mengakibatkan kerugian yang besar buat briged. Namun begitu, kumpulan ini berjaya mengumpulkan semula kekuatan dan berupaya meneruskan serangan pada tahun-tahun berikutnya.Pada tahun 2005, perjanjian gencatan senjata dicapai oleh Israel dan Pihak Berkuasa Palestin. Briged ini mengambil kesempatan untuk mengumpul kekuatan sepanjang masa tersebut. Sementara itu, Pihak Berkuasa Palestin menerima tekanan daripada Israel untuk melucutkan persenjataan Hamas, namun usaha tersebut tidak dapat dilakukan. Hal ini demikian kerana risau akan penentangan besar-besaran oleh sayap tentera parti tersebut dan kemungkinan berlaku perang saudara. Dalam jam-jam seterusnya, briged tersebut mengaku bertanggungjawab melancarkan roket-roket Qassam ke bandar Sderot di Israel.

Pada 10 Jun 2006, susulan insiden di pantai Gaza di mana 7 orang penduduk awam terkorban, briged tersebut mengumumkan pembatalan gencatan senjata yang dicapai pada 2005 dengan Israel. Insiden tersebut menyaksikan tentera Israel membedil 8 bom artileri ke arah pantai berdekatan bandar Beit Lahia pada 9 Jun 2006. Dalam jam-jam seterusnya, briged tersebut mengaku bertanggungjawab melancarkan roket-roket Qassam ke bandar Sderot di Israel.

Pada Jun dan Julai 2006, briged tersebut terlibat dalam operasi yang membawa kepada penangkapan Gilad Shalit, di samping pertempuran hebat di Genting Gaza dalam Operation Summer Rains yang dilancarkan oleh Israel. Ini merupakan kali pertama briged tersebut terlibat secara aktif melawan tentera Israel dalam masa 18 bulan.

Briged Al-Qassam berperang dalam banyak peperangan, yang terbesar ialah: perang Al-Furqan 2008-2009( Konflik Israel-Gaza 2008-2009), perang Hijaratus Sijjil (Konflik Israel-Gaza 2012) , perang Asfil Maakul 2014 (Konflik Israel-Gaza 2014) dan perang Saif Al-Quds (Krisis Israel-Palestin 2021). Salah satu operasinya yang paling terkenal ialah Operation Shattered Illusion, di mana askar Israel Gilad Shalit telah diculik, di mana Taysir Abu Snimah terlibat.

Antara operasi terpenting generasi pertama ialah Operasi masjid Musab bin Omair, yang merupakan operasi bergambar pertama dalam sejarah penentangan Palestin, yang diketuai oleh Emad Akel.

Operasi Terkemuka

• 1 Januari 2001: pengeboman berani mati di bandar Netanya oleh pengebom berani mati milik gerakan Hamas. Seorang terbunuh dan 59 yang lain cedera.

• 14 Februari 2001 : Satu pengeboman berani mati disebuah bas dalam sekumpulan orang, membunuh 8 orang Israel dan mencederakan 21 yang lain.

• 4 Mac 2001: Pengeboman berani mati di bandar Netanya, membunuh 4 rakyat Israel dan mencederakan 68 yang lain.

• 28 Mac 2001: Pengeboman berani mati di kalangan sekumpulan orang yang menunggu di stesen bas di Qalqilya di Tebing Barat, membunuh 2 warga Israel dan mencederakan 4 yang lain.

• 22 April 2001: pengeboman berani mati di bandar Kfar Saba,

• 18 Mei 2001: pengeboman berani mati di pintu masuk kompleks komersial di bandar Netanya.

• 1 Jun 2001: pengeboman berani mati di luar kelab pantai Dolphinarium di Tel Aviv, membunuh 21 warga Israel dan mencederakan yang lain.

• 4 September 2001: pengeboman berani mati di Baitulmaqdis Barat.

• 26 November 2001: pengeboman berani mati di persimpangan Beit Hanoun.

• 1 Disember 2001: dua pengebom berani mati meletup satu demi satu, diikuti dengan letupan bom kereta di pusat membeli-belah di Baitulmaqdis Barat.

• 2 Disember 2001: Seorang pengebom berani mati menaiki bas Israel dari daerah Neve Sha'anan di Haifa. Dia membayar bil besar kepada pemandu, kemudian meletupkan dirinya.

• 9 Mac 2002: Satu pengeboman berani mati di Moment Café yang sesak di tengah Baitulmaqdis, membunuh 11 peneroka Israel dan mencederakan 54 yang lain.

• 27 Mac 2002: Pengeboman Hotel Park pada cuti Paskah Yahudi di bandar Netanya Israel oleh martir Abdel Basset Odeh, membunuh 30 dan mencederakan 140 orang Israel.

• 31 Mac 2002: pengeboman berani mati di sebuah restoran Metazza di Haifa, membunuh 16 dan mencederakan 40 yang lain.

• 10 April 2002: Pengeboman berani mati di sebuah bas berhampiran penempatan Kibbutz Yagor, timur Haifa. Ini mengakibatkan pembunuhan 8, termasuk 6 askar dan 2 orang awam, dan kecederaan 22 yang lain.

• 7 Mei 2002: pengeboman berani mati di dewan perhimpunan yang sesak di Rishon Lezion, tenggara Tel Aviv.

• 19 Mei 2002: seorang pengebom berani mati yang menyamar sebagai askar meletupkan dirinya di sebuah pasar di Netanya.

• 18 Jun 2002: Seorang pengebom berani mati meletupkan dirinya di dalam bas di Baitulmaqdis, yang dikenali sebagai pembunuhan beramai-ramai Bat Junction, membunuh 19 dan mencederakan lebih 74 rakyat Israel.

• 16 Julai 2002: Letupan bahan letupan di sebelah bas kalis peluru bas yang dalam perjalanan dari Bnei Brak ke Emmanuel, dan penyerang memakai pakaian seragam tentera Israel dan melepaskan tembakan ke atas bas itu, membunuh 9 dan mencederakan 20 yang lain.

• 31 Julai 2002: Sebuah bom meletup dengan telefon bimbit di kafeteria pusat pelajar di kampus Universiti Hebrew, membunuh 9, termasuk 5 rakyat Amerika, dan mencederakan lebih 85 rakyat Israel.

• 4 Ogos 2002: serangan pengeboman berani mati ke atas bas Egged di Persimpangan Meron di Galilee, 9 orang terbunuh dalam serangan itu dan 38 cedera.

• 27 Februari 2008: Pelancaran 257 roket dan 228 peluru mortar dari Semenanjung Gaza di barat Negev, yang mengakibatkan 5 kecederaan, dan pada 27 Februari, pembunuhan seorang pelajar berusia 47 tahun di Kolej Sapir.

Penculikan dan Keluarga Askar Israel

Batalion tersebut melakukan lebih daripada 20 penculikan tentera Zionis, yang paling penting ialah:

1. 1988 : Satu unit Briged al-Qassam yang dipanggil Unit 101 menangkap seorang askar Israel bernama "Avi Suspertz" dan dibunuh oleh anggota unit itu.
2. 1989: Unit 101 menangkap seorang askar bernama "Ilan Saadoun" dan operasi itu berakhir dengan pembunuhannya.
3. 1992: Sebuah unit di Tebing Barat menjalankan operasi menangkap askar, Naseem Toledano, untuk ditukar dengan tawanan Sheikh Ahmed Yassin pada masa itu, dan apabila kerajaan Israel tidak bertindak balas, askar itu terbunuh.
4. 1994 : Operasi Tangkapan Sarjan Waxman
5. 2005: Sebuah unit menjalankan Operasi Awal Al Ghaith.
6. 2006: Sebuah unit menjalankan Operasi Shattered Illusion, di mana Koperal Gilad Shalit telah ditangkap.
7. 2014: 3 askar Israel diculik sekaligus di Hebron, dan kemudian dibunuh, oleh dua syahid, Marwan Al-Qawasmi dan Amer Abu Eisha.
8. 2014: Briged Al-Qassam mendedahkan penangkapan tentera Zionis "Shaul Aron" dalam operasi khas di timur kejiranan Al-Tuffah semasa Perperangan Asfil Maakul (Konflik Israel-Gaza 2014).
9. 2016: Pada 1 April, Briged Al-Qassam menerbitkan gambar empat tentera Zionis yang ditangkap.

Ia masih berperang untuk memecahkan kepungan Gaza, seperti perang terowong, dan sebelum ini telah banyak pertempuran dengan pendudukan Zionis, seperti pertempuran untuk mempertahankan kem Jenin, dan Pertempuran Hari Kemarahan, dan menghadapi Operasi Zionis.

Kemudian, pada 10 Ramadan 1435 Hijrah, ia menjalankan operasi kesepuluh Ramadan, iaitu operasi bersejarah di mana Briged Qassam memusnahkan, buat pertama kali dalam sejarah konflik dengan pendudukan Zionis, kota-kota terpenting Israel, iaitu Haifa, Hadera dan Tel Aviv. Daripada pertempuran Asfil Maakul (Konflik Israel-Gaza 2014) pada tahun 2014.

Operasi ketenteraan Al-Qassam disifatkan oleh Hamas sebagai operasi jihad, manakala tentera Zionis Israel menyifatkan mereka sebagai pengganas. Operasi yang dilakukan oleh Briged Al-Qassam adalah sangat banyak dan sukar untuk dikira. Bercakap tentang setiap satu secara berasingan adalah sukar, seperti operasi memburu ular.